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DNA甲基化与NGS测序相结合,如何早发现癌症?
2021/12/16 17:41 来源:医生在线
在哺乳动物中,负责5-甲基胞嘧啶(5mC)形成的DNA甲基转移酶包括DNMT1,DNMT3A及DNMT3B。DNMT1酶可以识别半甲基化的DNA,并保证维持现有的甲基化模式;DNMT3A和DNMT3B会在未甲基化的胞嘧啶上添加甲基基团。除了5-甲基胞嘧啶(5mC),5-羟甲基胞嘧啶(5hmc)为已发现胞嘧啶的甲基化中间产物,与5-甲基胞嘧啶(5mC)都为哺乳动物基因组中发现的两种常见的表观遗传标记,通过双加氧酶家族TET(包括TET1、TET2和TET3)蛋白,将5-甲基胞嘧啶(5mC)氧化为5-羟甲基胞嘧啶(5hmc)[2]。DNA的5-甲基胞嘧啶(5mC)和5-羟甲基胞嘧啶(5hmc)水平,在肿瘤发生发展中发挥了重要的作用。
DNA甲基化对于发育以及维持细胞正常功能至关重要,肿瘤细胞中甲基化特征与正常细胞大有不同,并且,在癌症患者中可以同时检测到低甲基化和高甲基化水平的改变。在肿瘤的发生的初始及进展阶段,表观水平就已经出现了异常,DNA甲基化整体上发生了改变。一般而言,CpG区域的甲基化水平总体下降,可导致基因组的不稳定性,但较少地刺激沉默的原癌基因[1]。
癌症的发生、发展伴随着DNA甲基化模式的改变,包括了逆转录元件、着丝粒及原癌基因的DNA低甲基化,以及与基因抑制相关的关键基因调控元件(如远端增强子和启动子转录起始的重叠区域)的甲基化。如下图所示,在整个基因组的所有基因调控元件,正常细胞和癌症细胞之间的DNA甲基化模式存在广泛差异。正常基因组中的大部分CpG位点都携带着5mC,而远端增强子元件及CpG岛区域对甲基转移酶DNMT的活性具有抗性。癌细胞主要表现特征为整体范围的失去甲基化遗传学修饰,反而增强子和启动子区域内出现异常的甲基化位点。这种甲基化分布的改变,导致了肿瘤抑癌基因的表达受抑制,并伴随着原癌基因表达的增加,从而进一步推动了肿瘤的发生、发展。
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